تفاوت دستورات ولی فقیه با دستور یک مرجع تقلید در چیست؟

ولی فقیه همانند مرجع تقلید یک مجتهد است. و از جهت جایگاه علمی یکسان می باشند.
اما شان و موقعیت اجتماعی آن دو متفاوت است. هنگامی که یک مجتهد، محل مراجعه برای کسب دستورات دینی قرار می گیرد، به او مرجع تقلید می گویند. و هنگامی که یک مجتهد متولی اداره جامعه می شود، به او ولی فقیه می گویند.
دستورات مرجع تقلید صرفا برای مقلدان او، لازم است. اما دستورات یک ولی فقیه، برای تمام افراد ساکن در آن جامعه لازم است. چونکه جامعه باید وحدت رویه داشته باشد و از هرج و مرج به دور باشد.
البته ممکن است در موردی هیچ دستوری از ولی فقیه وجود نداشته باشد، و گزینه های متعددی برای انتخاب ممکن باشد، و یا اینکه یک ولی فقیه دستوری را بیان کرده ، اما نه از شان ولایت و برای اداره جامعه، بلکه مثلا برای مسائل عبادی ، فتوایی را برای مقلدینش بیان کرده باشد.
اما اگر دستوری را برای اداره جامعه بیان کرده باشد، اطاعت از آن برای همگان و حتی مراجع تقلید دیگر نیز لازم است. در حالی که در غیر چنین مسائلی  هیچ مرجعی نمی تواند، نظر مرجع دیگر را ملاک عمل خود قرار دهد.
به عنوان نمونه برای تصمیم گیری جهت جنگ، نمی توان چند نوع ضابطه مختلف و متناقض را در جامعه عملی کرد. بلکه همه باید تحت محور واحدی عمل کنند. و شان حاکم نیز یک پارچه کردن جامعه و ایجاد وحدت است.

آیت‌الله جوادی آملی در بخش پاسخ به پرسش‌های كتاب "ولایت فقیه؛ ولایت فقاهت و عدالت " در پاسخ به این پرسش كه: "آیا بر فقیهان واجب است كه از ولی فقیه تبعیت كنند؟ آیا حق مخالفت و نقض حكم والی را دارند؟ " می‌نویسد: فقیه جامع الشرایط، سه كار رسمی دارد؛ یك كارش "افتاء " است كه پس از دادن فتوا، عمل به آن فتوا، بر خودش و بر مقلدانش واجب است، ولی نسبت‏ به فقیهان دیگر اعتباری ندارد؛ زیرا مجتهد حق ندارد از مجتهد دیگر تقلید كند. كار دیگر فقیه جامع ‏الشرایط، "قضاء " است كه بر كرسی قضا می‏‌نشیند و بین متخاصمین كه هردو طرف شخصیت ‏حقیقی‌‏اند یا شخصیت‏ حقوقی یا آنكه یك طرف حقیقی است و طرف دیگر حقوقی، بر اساس ایمان و بیّنات، حكم الهی را صادر می‏نماید كه نقض این حكم، بر خود او و بر متخاصمین و بر هركس دیگر حتی فقیهان حرام است و عمل به آن نیز واجب است، حتی بر مجتهدان و فقیهان و مراجع تقلید.
وظیفه سوم فقیه جامع الشرایط، "ولایت‏ " امت اسلامی و صدور احكام ولایی است. اگر والی اسلامی حكم ولایی كند به اینكه مثلاً رابطه ایران اسلامی با اسرائیل باید قطع شود، یا رابطه با آمریكا كه دشمن اسلام و رأس استكبار جهانی و حامی اسرائیل است، باید قطع شود، یا رابطه با فلان كشورها باید برقرار شود، یا در كشور چنین اموری باید رعایت گردد، عمل به این احكام بر مردم و بر خود والی و بر فقیهان و مجتهدان دیگر واجب است و هیچ‎كس حتی خود والی حق نقض این حكم را ندارد زیرا حاكم اسلامی فقط مجری احكام است و او نیز مانند همگان مشمول قانون الهی و تابع محض آن می‏باشد و دیگر فقیهان نیز چنین می‏باشند و باید از این حكم الهی كه توسط والی انشا شده است، پیروی و تبعیت كنند; مگر آنكه در فرض نادر، یقین وجدانی به اشتباه بودن حكم فقیه حاصل شود. البته شك داشتن در درستی حكم فقیه یا گمان داشتن به اشتباه بودنش، نمی‏تواند مجوز عدم پیروی باشد بلكه فقط یقین وجدانی چنین است نه غیر آن.

این مطلب، شامل فقیهانی كه به ولایت فقیه معتقد نیستند و مقلدان آنان نیز می‏شود، زیرا فقیهانی كه در ولایت فقیه اختلاف نظر دارند و مثلاً "مقبوله عمربن حنظله‏ " و "مشهوره ابی‏ خدیجه‏ " را برای ولایت فقیه كافی نمی‏‌دانند، از نظر حسبه می‏‌پذیرند كه اگر مردم یك كشور حاضر شده‏اند كه حكومت را بر اساس اسلام اداره كنند، این یك امر زمین‏ مانده‌‏ای است كه بر همگان و خصوصاً بر فقیهان واجب كفایی است كه تصدی آن را به‎عهده بگیرند و اگر یك فقیه واجد شرایط رهبری، تصدی آن را به ‏عهده گرفته و امت اسلامی نیز او را قبول دارند، در این حال، مخالفت‏ با احكام این حاكم و تضعیف او جایز نیست و كسی نمی‏تواند بگوید من چون ولایت فقیه را قبول ندارم، می‏‌توانم از هر قانون كشور اسلامی سرپیچی كنم و قوانین و مقررات آن را رعایت نكنم.